Nos maisons abritent 125 066 types de bactéries et 72 284 types de champignons

L’étude concerne les États-Unis, mais ses résultats nous donnent une idée du zoo qui nous entoure. En récoltant la poussière de 1 142 maisons et appartements répartis dans tout le pays, des chercheurs ont dressé le premier inventaire microbien de notre principal lieu de vie.

Inutile d’astiquer tous les recoins à la javel, cet écosystème est généralement inoffensif. Mais il présente des caractéristiques particulières liées à la présence ou pas d’animaux domestiques, bien sûr, ou à la proportion entre hommes et femmes dans le foyer, ce qui est plus étonnant.

 2 284 échantillons de bactéries et champignons séquencés génétiquement

Les chercheurs, de l’université du Colorado et de l’université d’État de la Caroline du Nord, en association avec le Musée d’histoire naturelle de Copenhague (Danemark), ont fait appel à des volontaires du projet participatif Wild Life of Our Homes citizen science project (homes.yourwildlife.org) pour collecter la poussière se trouvant à l’extérieur et à l’intérieur de chacune des 1142 maisons, soit 2 284 échantillons.

De ces échantillons, les biologistes ont extrait deux classes de microorganismes, les bactéries et les champignons (moisissures), qu’ils ont analysés au moyen d’un séquençage de l’ADN. Le résultat est qu’en moyenne les échantillons contient 72 284 types de champignons et 125 066 types de bactéries.

Des bactéries révélant la présence d’animaux domestiques

Ils ont alors observé que les champignons résidant dans les maisons reflètent assez fidèlement ceux trouvés à l’extérieur de la maison : ces populations sont fonction de la zone géographique et du climat où se situent les maisons. En revanche, les bactéries de l’intérieur, elles, sont d’avantage déterminées par des paramètres liées aux occupants de la maison et à leur mode de vie.

Ainsi, la présence de chats, de chiens ou d’oiseaux influence nettement le zoo bactérien, tout comme le nombre d’habitants de la maison. Plus étonnant, ce zoo, nommé “microbiome”, est également lié  au sexe des occupants de la maison.

Microbes d’hommes, microbes de femmes

Concrètement, les espèces de bactéries associées au microbiome de la peau (Corynebacterium et Dermabacte) ou de l’intestin (Roseburia) sont plus nombreuses dans des foyers où le ratio femmes/hommes est faible, laissant penser que les hommes trainent plus de bactéries que les femmes.

Mais l’étude révèle également une plus grande concentration de Lactobacillus en présence de femmes que dans des foyers sans femmes – ce que les chercheurs associent aux particularités du microbiome vaginal.

Une carte d’identité de l’environnement des êtres humains

Finalement, l’analyse des bactéries et champignons présents dans les maisons donnent des indications de lieu d’habitation, du climat local, de la présence d’animaux, de la répartition d’hommes et de femmes au sein du foyer… Des informations accessibles par la seule analyse ADN des microbes présents.

Très majoritairement inoffensifs pour nous, voire nécessaires aux enfants pour un bon développement de leur système immunitaire, comme le soulignent les chercheurs, les microbiomes des foyers seraient ainsi de véritables cartes d’identité de l’environnement humain, à l’instar des microbiomes présents dans les intestins, la peau, les oreilles, les yeux, les aisselles, qui seraient uniques et particuliers à chaque individu, comme des empreintes digitales.

Román Ikonicoff

 

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• Il y a un lien entre flore intestinale et diabète – S&V n°1143, 2012. Les premiers grands projets de séquençage du microbiote commencent immédiatement à mettre en lumière la relation entre sa composition et la présence de maladies chroniques, comme le diabète.

• Microbes terrestres, voici le vrai microcosmos – S&V n°1161, 2014. De la toundra aux forêts en passant par les fonds marins, la surface de la Terre regorge de microbes aussi précieux qu’inconnus. Leur mille activités jouent un rôle clé dans les écosystèmes, sans même qu’on s’en aperçoive.